刺马案是清末四大奇案之一（其它三案分别是“杨乃武与小白菜案”、）“名伶杨月楼案”和“太原案”），案件的具体经过是这样的：1870年8月22日，两江总督马新贻遇刺，次日身亡。刺客从容就缚，供称系河南汝阳人，名张文祥。
现任总督在光天化日之下遇刺身亡，清朝开国以来尚是首例，朝廷马上命江宁将军魁玉与漕运总督张之万会审，后又派刑部尚书郑敦谨会同新任两江总督曾国藩复审。
“刺马案”之所以引人瞩目，首先因为遇刺人马新贻地位显赫特殊。马官居两江总督兼管南洋通商事物及两淮盐务，统管今天江苏、江西、安徽三省富庶之地的军政大权，是晚清最重要的封疆大吏之一。其次是人们怀疑这个案子背后隐藏着更大的秘密，据清代史料记载，太平天国建都江宁，洪秀全聚敛钱财无数，而曾国藩陷城后却一把火烧了天王府，致使巨额财富下落不明，对此朝野颇有传言。于是清廷先将曾国藩调离，随即升任与湘系并无瓜葛的马新贻为两江总督，启用马新贻被时人看作是朝廷用来制衡曾国藩的一枚棋子，当时盛传马受朝廷密旨开始对湘军展开调查。在这个敏感时刻马新贻突然被杀，的确耐人寻味。
因马新贻之死牵扯到了方方面面的利益，所以谁也无心深究，最后以“漏网发逆，复通海盗，挟嫌泄愤，刺杀总督大员”之名草草结案。刺客虽被凌迟挖心处死，但案情并未水落石出，参加会审的马新贻部下孙依言、袁保庆坚决不在会审文书上签字画押，而随同刑部尚书郑敦谨南下办案的刑部官员颜士璋后来在其《南行日记》中详细记述了赴宁审案的全部过程，据其曾孙颜牧皋介绍，日记中有“刺马案与湘军有关”、“刺马案背后有大人物主使”等话，可惜此日记已经失传。
“刺马案”发生后，经过许多野史轶闻和民间戏文的渲染，马新贻一直被当作一个背信弃义渔色负友的小人，其实历史上真实的马新贻并非如此。
马新贻出身于山东菏泽一个回族官宦之家，27岁中进士，后累官至浙江巡抚、两江总督兼通商大臣等要职，是一个抱负远大的知识分子。他一生未参加任何派别，与同时代的曾国藩、李鸿章、左宗棠等人不同，马新贻手中没有一兵一卒，就连卫兵还是曾国藩送给他的。马新贻后来的平步青云与他的这种作风不无关系，特别是太平天国失败以后，攻陷天京（今南京）的湘军势力如日中天，清廷正是看中马新贻无依无傍的中立身份，才推出他出任两江以牵制曾国藩的湘系。
据近年来一直从事马新贻研究的山东菏泽学者高尚举介绍：“马新贻为人很正直，十分清廉。清末太平天国战乱之后，浙江一带土地荒废，民不聊生，身为浙江巡抚的他带领百姓开荒耕地，减免赋税，还组织百姓兴修水利，修筑海塘。”另据史书记载：“东南三大政，曰漕，曰盐，曰河。”漕运、盐政和河工是江、浙一带的核心事务，马新贻在担任浙江巡抚和两江总督期间，主持完成浙江的减漕运动，最终确立了两淮盐法规制并积极投身河工，皆获时人好评，取得了良好的效果。
至于一些小说戏曲中所说的马新贻“渔色负友”，马氏后人并不认同，马新贻的六世孙马福建称，马新贻作为一个封建时代的封疆大吏却没有三妻四妾，绝对称得上是个用情专一的好男人。马福建还向媒体透露：“当年，马新贻的妻子知道马新贻遇刺身亡之后立即自杀。这件事情有史书记载，原文写的是‘坠金’自尽。你想，如果马新贻是个好色之徒，他老婆会这样吗？”这也可算作一家之言。
由于《清史稿·马新贻传》等正史中对马新贻遇刺的原因记载过于简单且语焉不详，所以民间对此事众说纷纭，大体上有以下说法。
一、为结拜兄弟所杀说
当年马新贻在安徽协办团练围剿捻军时被擒，俘虏他的就是刺马案中的主角张文祥。张文祥有意归顺朝廷，与马新贻义结金兰后投靠马部，但马后来却薄待张文祥等人，并将结义兄弟曹二虎之妻诱奸，又借通匪之名将曹二虎杀掉。张文祥知道这件事后说：“此仇必报。”于是就有了上面那一幕，电影《投名状》采用的即是此说。
二、为湘军所杀说
富庶的两江地区一直是湘军、淮军的势力范围，而且湘军在剿灭太平天国战争中收复了江宁，但朝廷却让马新贻出任两江总督。此举让湘军将领大为恼火，必欲除之而后快。这是一个流传较广的说法，但却缺乏相关史料为证。
三、为仇家所杀说
民间传说马曾多次与人结怨，因此招来杀身之祸，但此说也缺乏证据支撑。
