另外，“出云”级的升降机设计也导致该舰部署F-35B十分困难。“出云”级共有两部舰载机升降机，一部位于舰体前部飞行甲板中央，另一部位于舰体后部右舷外侧。其中位于舰体前部的升降机长度和宽度均不能满足F-35B的使用要求，只能用于运载直升机；舰体后部的升降机可以满足F-35B的部署，并且位置紧邻舰尾停机区，但因仅有一部而导致运作效率低下。
“出云”级上升降机的布置方式可能参考了美国海军两栖攻击舰的设计经验，后者虽然也要考虑AV-8B“鹞”和F-35B的部署问题，但舰载机仍然以直升机为主，这点与“出云”级大致一致，可以认为“出云”级以目前的任务目标来看采用这种升降机布局是非常合适的。
然而考虑到航母要执行舰队防空和对地、对海攻击任务，这就不得不考虑舰载战斗机的批次轮换。如果说F-35B的起降方式使得其在“出云”级的飞行甲板上操作和部署相当困难，那么“出云”级的升降机布置则完全断了F-35B在“出云”级上部署的后路。若搭载了F-35B，在执行低强度任务时，“出云”级的两部升降机尚可“各司其职”，然而如果是高强度战备任务或战时条件下，“出云”级前部的升降机就会因为F-35B的起飞作业而彻底成了摆设，带来的问题就是将直升机调度任务也交给舰体后部右舷的升降机，将不可避免地产生F-35B和舰载直升机争夺升降机的局面。
