但可惜的是，这一代的机战获得的销量却不尽如人意，相比于一代来说只有其不到一半的销量着实令眼镜社的团队备受打击。究其原因很大程度是由于当时任天堂主推的主机是SFC平台，这使得FC平台的游戏销量都受到了较大的影响，因此《第二次机器人大战》也一同受到了牵连。
不过优秀的作品是不容易被时代埋没的，眼镜社并没有放弃这个系列，在接连推出了《第三次超级机器人大战》还有《第四次超级机器人大战》之后，游戏的内容越来越稳定，团队又重新回到了最初的GameBoy平台，而这次主导游戏制作的是曾经在任天堂负责《第二次超级机器人大战》游戏测试的寺田贵信。他当初看到了这款游戏之后就深深地被折服了，于是来到眼镜社求职，并一步步成为了公司的一名游戏制作人。
而他制作的首部作品就是在GameBoy平台的《第二次超级机器人大战G》，他在接受采访是表示：之所以后面还加一个英文字母“G”是因为这个字母代表了光芒、伟大、巨大等意思同时也代表了这个平台最伟大的作品。在寄予了如此厚望下，《第二次超级机器人大战G》并没有令团队失望，相比于上一部在GameBoy平台上的作品，游戏的销量直接翻了一倍，这彻底坚定了眼镜社对于机战IP的信心，因此从那时起公司的机战系列制作也步入了正轨，制作速度几乎是每年两代作品。
