2001年“911”事件后，在美军事打击下，塔利班政权垮台，一些残余转入山区。此后其长期隐藏于山区中，从2006年开始通过鸦片贸易东山再起，并从北约手中夺回阿富汗南部地区。目前，塔利班政权重新占领了70%的阿富汗领土。2007年因绑架并杀害韩国人质再次闻名。
2010年5月28日，巴基斯坦两座清真寺遭自杀式炸弹袭击，导致56人死亡，一百多人遭绑架，有媒体称塔利班组织宣称对此事负责。
2011年5月中旬，阿富汗情报官员证实毛拉·穆罕默德·奥马尔已在巴基斯坦被击毙。2011年5月23日，塔利班发言人否认毛拉·穆罕默德·奥马尔被击毙。
阿富汗虽然只有约2993万（2007年1月人口普查）人口，却有20多个民族，每个民族都有自己的语言，各民族又分为若干个大部族或集团，下面又分成众多的小部族或家族世系。由于地形复杂，交通不便，经济、文化落后，各部族间相互隔绝，形成了各自独特的文化传统。部族的内部事务由各自的首领管理，而且大多数部族拥有自己的武装，矛盾错综复杂。普什图族是阿富汗最大的民族。在过去的200多年里，普什图族在军事、政治和经济生活中占统治地位。普什图族与非普什图族之间的矛盾一直是阿富汗主要的民族矛盾。
阿富汗武装派别塔利班（Taliban）在普什图语中是“宗教学生”的意思，也称“学生军”，因此，“塔利班”又被称为伊斯兰学生运动武装，其骨干成员多来自宗教学校或受过培训的阿富汗普什图族难民。
塔利班是1994年8月在内战不休、派系割据的背景下诞生的，代表普什图族的利益，属伊斯兰教逊尼派，信奉原教旨主义，致力于建立“世界上最纯粹的伊斯兰国家”。由于塔利班当初提出铲除军阀、建立和平稳定的伊斯兰政府的主张，很快赢得阿富汗人、特别是普什图族人（占国内总人口40%）的拥护。塔利班成立时只有800多人，之后迅速壮大，在战场上取得节节胜利。1996年9月27日，塔利班武装攻占首都喀布尔，并成立了临时政府接管政权。
塔利班政权实行高度的中央集权制，组织机构严密。塔利班总部设在坎大哈。最高领导人为毛拉·穆罕默德·奥马尔。最高决策机构是大协商会议（大舒拉），成员约50人，常务委员会7人，研究并决定重大问题，奥马尔是大协商会议及其常务委员会主席。最高执行机构是设在喀布尔的部长委员会。委员会负责处理日常事务，下设国防、外交、内政等20个部。
塔利班在其控制区内，全面推行伊斯兰法，实行极端宗教统治。塔利班颁布政令禁止电影电视，严控娱乐活动；男人必须蓄须，女人必须蒙面，不允许妇女接受教育和就业，违者将受到严厉惩罚。
2001年“911”事件后，美军进入阿富汗。11月塔利班政权撤离首都，12月成立卡尔扎伊政权。然而，塔利班领导人奥马尔和“基地”组织头目本·拉丹（于2011年5月1日死亡）一直在逃，两大组织的核心领导层尚在。随后，美军与当地武装的冲突及引发的各种暴力事件不断。仅从2007年1月至7月，阿富汗境内各类暴力事件就已造成近3000人死亡。
目前塔利班主要由占阿富汗人口40%左右的普什图人组成，而普什图人又有不同的地域和派别之分。塔利班中坚力量是来自坎大哈的吉尔扎伊普什图人。巴基斯坦记者艾哈迈德·拉希德在他的著作《塔利班》中写道：“早在塔利班攻下喀布尔之前，奥马尔就曾在坎大哈召开了一个由各部族首领、伊斯兰教宗教领袖参加的大会，并接受了‘信徒的领导者’的称号”。
2016年5月21日，塔利班领导人毛拉·阿赫塔尔·穆罕默德·曼苏尔在美国无人机对巴基斯坦靠近阿富汗边界的一个地区的空袭中死亡。
2019年1月26日，美国政府与阿富汗塔利班代表在卡塔尔首都多哈结束谈判，双方就实现阿富汗停火等问题取得重要进展。2019年1月26日，美政府与阿富汗塔利班签署结束阿富汗战争协议草案。6月7日，据阿政府官员透露，至少有15人在阿富汗古尔省西部的塔利班袭击事件中丧生。2019年9月02日，美国与塔利班达成协议草案：美军撤军5000，关闭5基地。这项协议将可以让阿富汗境内的暴力冲突减少，替永久的和平铺路。2019年12月29日，塔利班领导层同意在阿富汗临时停火，具体时间还未确定。媒体称，塔利班的停火决定将为其与美国签订和平协议提供可能。
2020年9月4日，阿富汗政府官员透露，阿政府和塔利班有望数日内在卡塔尔首都多哈启动谈判 。9月10日，阿富汗政府官员证实，政府当晚将6名塔利班在押人员送上一架飞往卡塔尔首都多哈的飞机。阿富汗政府与塔利班定于12日在多哈启动和平谈判。当地时间2021年6月22日，阿富汗安全部队击毙234名塔利班成员。
截至当地时间2021年7月3日，塔利班控制了阿富汗13个区域。这些地区大多数位于阿富汗北部，其中巴达赫尚省被占领区域最多，达到9个。
当地时间2021年7月5日，阿富汗国防部发布声明表示，过去24小时，阿富汗安全部队与塔利班在喀布尔、卡皮萨等近十个省份发生冲突，共击毙244名、击伤141名塔利班成员，并且销毁了塔利班的大量武器弹药和不同类型的地雷炸弹。
当地时间2021年7月8日，阿富汗国防部发布声明表示，过去24小时，阿安全部队与塔利班在拉格曼、霍斯特等十几个省份发生冲突，共打死107名、击伤58名塔利班武装分子，并且销毁了塔利班的大量武器弹药和不同类型的地雷炸弹。
2021年7月8日，俄罗斯总统阿富汗问题特别代表卡布洛夫与塔利班政治办公室代表团举行会谈，双方讨论了阿富汗局势以及启动和平谈判等问题 。
2021年7月15日，据阿富汗政府与塔利班的谈判代表透露，塔利班称愿意宣布为期三个月的停火，条件是政府释放7000多名塔利班在押人员。
2021年7月17日报道 ，阿富汗政府及塔利班方面称，双方高级代表在卡塔尔首都多哈举行和平谈判。
