不过，据万孚生物介绍，国内此前已上市的大多数新冠核酸检测试剂不能够区分新冠普通株以及变异株，这给相关流调工作带来一定的困难。这也就要求新冠核酸检测厂家要具备快速响应能力以及快速研发能力，以便应对未来新发现的变异株的检测，新开发的试剂如果需要快速上市，尽早的投入到疫情防控中，还需要相关政府部门的政策支持。
在这样的情况下，就要先对新冠病毒进行基因测序，知道拉链坏在哪，才可以针对拉链的变异进行的调整。“测序完成之后，制定出相应的检测试剂是十分容易的。”张洪涛告诉界面新闻记者。
目前，英国和国内都已经研发出了针对Delta变异毒株的新冠检测试剂。6月9日，广州市科学技术局党组成员、副局长孙翔在广州市政府新闻发布会上透露，达安基因、万孚生物都开发出了新的核酸检测试剂。
复星医药旗下复星诊断对界面新闻介绍，针对变异毒株的“检测”和“鉴别”概念不一样，“检测”是检测新冠病毒阳性与否，而“鉴别”具体是哪种变异毒株则需要采用另外的试剂或方法。目前变异毒株种类鉴别国内多用测序法，也可以采用专门的变异株鉴别试剂。
万孚生物对界面新闻表示，针对突变毒株的新检测试剂不需要进行太大的改动，只需要开发针对的变异株的特异性的引物及探针，对反应体系进行适当调整，并进行临床验证即可。
不过复星诊断也表示，其自主研发的新冠核酸检测试剂同时检测ORF1ab、N和E基因等3靶标序列，各靶标结果相互验证，对低病毒载量样本及发生点突变的病毒株，不易发生漏检，根据其对引物探针与国际上最新变异株（包含但不限于B.1.1.7、B.1.351、P.1、B.1.617变异株）携带的突变位点的核对，结果证实不会出现脱靶和漏检情况，可保证该试剂针对变异株检测和常规新冠病毒检测的准确性和灵敏性一致。
而在实验室检验流程上，金域医学和多家检测企业都告诉界面新闻记者，变异新冠病毒的实验室检验流程上同此前的新冠病毒毒株一致，无需调整。
虽然检测试剂的开发并不困难，但如何在实践中保障大规模的检测结果对各个省市来说仍然是个考验。“既要同时对大规模人群进行检测，又要防止人群互相感染，还要防止新冠疫苗污染核酸检测的结果。”张洪涛提到了落实大规模核酸检测的难处。
华大基因也向界面新闻表示，核酸检测的采样过程、样本的储存、运输的安全性都是大规模进行核酸检测所需面临的挑战。
此外，新研发的针对Delta变异毒株的试剂盒的产量提升也需要时间，而在于Delta变异毒株的交手中，依然需要足量的新试剂来保障大规模检测的准确性，这在短期内也可能会成为一个挑战。
