被隐瞒的真相：
美方主导对731高官免予战犯责任
令石井等人意想不到的是，美国一直对731部队的研究成果颇感兴趣，对其战争罪行的惩处并不热心。派来调查该部队罪行的负责人马来·桑德斯中校本人就是一名细菌战专家。桑德斯通过731部队中被称作石井左膀右臂的内藤良一进行调查。内藤最初介绍了很多与731部队无关的人进行敷衍，桑德斯震怒之下表示将立即回国并报告“日方拒绝调查”。恐惧的内藤交出了日本旧陆军命令系统内731部队的所有备忘资料。看过这批资料后，桑德斯向当时的日本总督麦克阿瑟汇报后，建议对内藤等人免予战犯责任追究。“这个结果一下子让他们交出了大量的研究资料”桑德斯1997年在朝日电视台接受采访时如是说。
但是，内藤等人依然否定关于人体实验的事实。桑德斯的后任汤普森中校则坚决向日本方面要求会见石井。这一要求，在深恐细菌战，人体试验恶行曝光的731原部队成员中引起极大震动，石井的老部下增田带着氢氰酸毒药求见了躲在东京都的石井，要求“队长，你自杀吧”，“连全家一起杀掉”。
色厉内荏的石井拒绝了自杀，并在1947年接受美国方面的讯问，与内藤一起承认了人体试验的罪行。不过，看出美方意图的石井表示要美国方面提供书面保证不将其作为战犯起诉，并提出要美方雇佣他。美方负责人埃德华·V·希尔博士表示“这样的人体试验材料，我们（美国）的研究室绝对无法得到。这样的资料，如今算来大约需要25万日元，与实际研究价值相比，简直是九牛一毛。
于是，在美方主导的东京战犯审判中，731部队相关人员，一个被起诉的也没有。同时，美方还在1947年3月22日华盛顿与东京之间的电报中指示，“由美国的研究人员接触石井，所得重要情报对苏联方面保密”。
实际上，美方直到2007年1月，才对731部队相关的细菌战档案实行解密。此时，石井等人早已作古。
